Investigadores del Children’s Hospital of Philadelphia (CHOP) han creado una tecnología versátil y rentable para la secuenciación dirigida de moléculas de ARN de longitud completa, lo que podría acelerar el descubrimiento de nuevos diagnósticos y tratamientos. La tecnología, conocida como TEQUILA-seq, es altamente adaptable para diferentes propósitos de investigación y clínicos. Los detalles de este desarrollo fueron publicados en un artículo en Nature Communications.

Las moléculas de ARN se someten a un proceso llamado splicing alternativo, que permite que un solo gen produzca múltiples variantes de proteínas. La desregulación del splicing alternativo puede llevar a enfermedades como el cáncer. Para comprender mejor este proceso, los investigadores necesitan un recuento preciso de todas las moléculas de ARN que provienen de un solo gen.

Un método para lograr esto es a través de la secuenciación de ARN de “lectura larga”. Sin embargo, las plataformas de lectura larga existentes tienen un rendimiento de secuenciación limitado, lo que ha dificultado su uso generalizado, especialmente en un entorno clínico. La secuenciación dirigida, que implica enriquecer secuencias específicas de ácidos nucleicos de interés antes de la secuenciación, puede mejorar la cobertura de los objetivos predefinidos. Sin embargo, el costo y la complejidad de la captura de objetivos han sido barreras para una adopción más amplia.

Los investigadores del CHOP abordaron este problema desarrollando TEQUILA-seq. Esta tecnología utiliza un enfoque rentable para crear sondas de captura que se pueden utilizar para la secuenciación dirigida. TEQUILA-seq demostró un rendimiento comparable a las sondas de captura comerciales, al mismo tiempo que era significativamente más barato. Los investigadores también demostraron que TEQUILA-seq puede mejorar la detección y cuantificación de moléculas de ARN objetivo.

TEQUILA-seq se aplicó para perfilar las moléculas de ARN de longitud completa de 468 genes de cáncer accionables en 40 líneas celulares de cáncer de mama. Se descubrieron isoformas de transcripción previamente desconocidas, lo que proporciona información sobre la inactivación de genes protectores contra el cáncer en tumores individuales.

TEQUILA-seq tiene el potencial de ser ampliamente utilizado en la secuenciación dirigida de moléculas de ARN de longitud completa. Las sondas de captura generadas son compatibles tanto con la secuenciación de ARN como de ADN, en plataformas de lectura larga y lectura corta. Esta tecnología rentable y escalable puede facilitar estudios a gran escala y aplicaciones en diversos campos, incluyendo la investigación básica, la medicina traslacional y los diagnósticos clínicos.

Fuente: metroamericas.com