En palabras de Susana López Charretón, las olas de contagios son manejadas según el comportamiento de la sociedad, “depende mucho del uso de cubrebocas, de la higiene de manos y del distanciamiento social en la mayor parte de nuestras actividades para mantener el control de la replicación”

El origen, los objetivos y avances que ha tenido el Consorcio de Vigilancia Genómica-México (CoviGen-Mex), proyecto que estudia la evolución, distribución y aparición de nuevas variantes del coronavirus SARS-CoV-2, en el país, se abordaron en la primera sesión del ciclo Lecciones y acciones a más de un año de la pandemia COVID-19, que coordina Susana López Charretón, integrante de El Colegio Nacional.

El Consorcio de Vigilancia Genómica-México, fue el nombre de la conferencia, transmitida en vivo el 13 de septiembre por las plataformas digitales de la institución, en la que participaron los investigadores Carlos Arias, Celia Boukadida, Rosa María Gutiérrez y Alejandro Sánchez, todos miembros del CoviGen-Mex.

Al tomar la palabra, López Charretón afirmó que existe una gran preocupación acerca de las variantes y las vacunas, pero los datos que se tienen hasta ahora confirman que las vacunas sirven a pesar de los cambios de las variantes. Recordó que se tienen dos ramas de la inmunidad: la humoral, que funciona a través de los anticuerpos y se puede medir en el laboratorio; y la de células T y B, que trabajan juntas para destruir a los invasores. “Afortunadamente, con esas dos ramas, todas las vacunas en este momento protegen contra enfermedad severa y muerte.”

En palabras de la viróloga mexicana, las olas de contagios son manejadas según el comportamiento de la sociedad, “depende mucho del uso de cubrebocas, de la higiene de manos y del distanciamiento social en la mayor parte de nuestras actividades para mantener el control de la replicación. Mientras menos se replique el virus vamos a tener menos posibilidad de variantes, le estamos dando un enorme chance al SARS-CoV-2 de replicarse millones de veces y de variar muchísimo”.

Agregó que no se puede hablar de una tercera dosis de la vacuna, porque no están indicadas para la población en general, “hay una gran cantidad de países y personas que no han recibido una sola vacuna, entonces reforzar el refuerzo tiene que ser menos egoísta y pensar que si no estamos seguros todos, en el mundo, no vamos a estar seguros ninguno. Necesitamos esa seguridad reforzada”.

Por su parte, Carlos Arias, Coordinador General del CoviGen-Mex, explicó que el virus del SARS-CoV-2 tiene una tasa de evolución de 25 mutaciones por genoma por año, “si se compara la secuencia del virus original de Wuhan, que se determinó en enero de 2020, con el virus secuenciado en 2021, este último tendría 25 mutaciones o diferencias en relación al del año anterior”.

De acuerdo con el químico farmacobiólogo, el coronavirus evoluciona como resultado de la selección natural de aquellas mutaciones que le confieran características favorables como una mejor replicación, transmisión o evasión de la respuesta inmune. “Estas mutaciones han sucedido desde el inició de la pandemia y son parte normal de todos los virus. En el país han ocurrido cerca del millar de mutaciones a nivel nucleótido, algunas se traducen a nivel de aminoácidos.”

Puntualizó que las mutaciones son una huella genética, que permiten identificar y seguir la dispersión de las variantes virales, aquellos genomas que tuvieron algún cambio en su secuencia. “Esto es lo que se conoce como la epidemiología genómica que ha puesto los procedimientos de obtención de los genomas en la parte central de esta epidemia.”

“Actualmente se han secuenciado cerca de 3 millones y medio de virus, en todo el mundo, esto es una cantidad sin precedentes, muestra de las mejoras tecnológicas obtenidas con el paso del tiempo. Es importante vigilar la evolución, porque eso permite detectar el surgimiento de variantes virales que puedan escapar a la inmunidad natural o inducida por las vacunas, ser resistentes a esquemas terapéuticos o no responder a los métodos diagnósticos moleculares.”

El investigador también se refirió a los objetivos y las actividades que realiza el Consorcio de Vigilancia Genómica-Mexico, creado en enero de 2021 por la necesidad de obtener un número mayor de secuencias virales del SARS-CoV-2 que pudieran dar información más confiable. “Todas las secuencias que se generan se mandan al InDRE, Instituto de Diagnóstico y Referencia Epidemiológicos, que funciona como un laboratorio nacional de referencia, que a su vez las reporta a la Dirección General de Epidemiología y, cuando es necesario, a la Organización Panamericana de la Salud.”

El CoviGen-Mex está formado por aproximadamente 50 investigadores de 15 instituciones, especialistas en disciplinas como virología, evolución molecular, epidemiología y estadística. Todo el trabajo es financiado por el Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT), la Secretaría de Educación, Ciencia, Tecnología e Innovación y el Instituto de Salud Pública Global de la Universidad de Miami.

El consorcio se constituye por dos grupos: el primero es el encargado del diagnóstico y provisión de las muestras para su secuenciación e identificación de las variantes. En éste trabajan instituciones como el Instituto Mexicano del Seguro Social, el Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias y el Instituto de Biotecnología de la UNAM; el segundo grupo está dedicado a analizar de manera más amplia y detallada la evolución del virus y de la pandemia, en el país. En éste participan 10 instituciones adicionales, tres entidades académicas de la UNAM y dos extranjeras, que son la Universidad Libre de Berlín y la Universidad de Oxford.

El experto en rotavirus sostuvo que las actividades que realiza el CoviGen-Mex consisten en diagnosticar muestras de pacientes con COVID-19; procesar y obtener la secuencia del genoma viral e identificar las variantes presentes, en México, por análisis bioinformáticos; reportar los resultados al InDRE y las secuencias virales en la página MexCoV2 del consorcio; difundir los resultados en la base internacional GISAID; y realizar estudios filodinámicos y filogeográficos de las secuencias obtenidas.

“El consorcio realiza aproximadamente el 34% de las secuencias. A la fecha hay cerca de 26 mil secuencias de México depositadas en la base de datos. Actualmente el país se encuentra dentro de los primeros 20 países que secuencia más genomas, y es el segundo, después de Brasil, en hacerlo, en Latinoamérica. Hay dos variantes predominantes que representan el 80% de los casos, la B 1.1.519 y Delta, que ha disparado la tercera ola en México.”

¿Cómo descifrar el genoma del virus SARS-CoV-2?

Por su parte, Alejandro Sánchez, responsable del Laboratorio Nacional de Apoyo Tecnológico las Ciencias Genómicas, del CONACYT, sostuvo que en los últimos 40 años se han desarrollado tecnologías como la de Illumina, creada por la Universidad de Cambridge, que actualmente se utiliza para analizar el SARS-CoV-2, en México, y fue la que se usó en Wuhan.

En palabras del presidente de la Academia de Ciencias de Morelos, la técnica de Illumina consiste en fragmentar el ADN en pequeños pedazos, separarlos y, con ayuda de adaptadores en los extremos, leer los fragmentos de interés, para después unirlos a una placa donde se lleva a cabo la secuenciación. “Esta tecnología es innovadora porque hace que se multiplique una copia, de tal manera que la máquina la pueda ver desde un microscopio. A cada fragmento del ADN se le agrega un color y eso lo registra la máquina y lo traduce a la secuencia.”

“Las máquinas que se utilizan para secuenciar el volumen de fragmentos que se pegan en una placa pueden ser de varias centenas o miles de millones de fragmentos, y finalmente el análisis bioinformático es lo que determina a qué pertenecen los fragmentos de ADN. Gracias a eso se puede ver la secuencia del virus y se pueden encontrar las mutaciones, que son las que generan las variantes.”

De acuerdo con el investigador Instituto de Biotecnología, de la UNAM, también existe la técnica de Oxford Nanopore Technologies, que se ha utilizado para secuenciar el SARS-CoV-2, pero no se usa para hacer la vigilancia genómica, “es prometedora, tiene un concepto que se basa en un dispositivo portátil, lo que daría la oportunidad a los hospitales para hacer estas pruebas en tiempo real”.

Agregó que, en México, aún hay un gran número de casos de contagio, “lo que indica que la pandemia no está controlada y la transmisión de la enfermedad se da una tasa alta. Es necesario vigilar al virus, porque las mutaciones le van confiriendo propiedades”.

“En las cuatro variantes que dominan al mundo está Delta, como principal, Alpha, Beta y Gamma. Hay otras variantes de interés que van acumulando mutaciones, pero no hay evidencia clara de que puedan evadir al sistema inmune o que su transmisión sea mucho más rápida que otras. La información que obtenemos sirve para hacer una vacuna, tomar decisiones en vacunación, saber si la variante es muy trasmisible o no y prender las alarmas para que la gente tenga más cuidado en la toma de decisiones como confinamiento o medidas más estrictas.”

Análisis de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2

Por su parte, Celia Boukadida, investigadora del Centro de Investigación de Enfermedades Infecciosas, se refirió al análisis de las secuencias genómicas de SARS-CoV-2, comentó que éste tiene cuatro etapas: inicia con el análisis cualitativo de las secuencias obtenidas; le sigue la identificación y reporte de las variantes; la publicación de las secuencias genómicas de SARS-Cov-2; y finaliza con la descripción del panorama nacional.

La experta aseguró que el proceso evolutivo es mucho más rápido para los virus que para otros organismos. Explicó que el genoma del SARS-CoV-2 es de aproximadamente 30 mil nucleótidos. “Cuando secuenciamos esos 30 mil nucleótidos tenemos que analizar la calidad de esas secuencias antes de compartirlas. Tenemos la suerte de haber desarrollado muchos programas de manera internacional y uno que es muy útil se llama NextClade, que permite determinar las características de las secuencias.”

Agregó que, en la segunda etapa de análisis, se identifican las variantes que corresponden a cada una de las secuencias. “Una mutación es un cambio en el genoma comparado con el virus original. La mayoría de las mutaciones no tienen efecto sobre las propiedades del virus; sin embargo, algunos cambios podrían influir en la propagación o eficacia en su método diagnóstico, tratamientos o vacunas, por eso es importante realizar esta vigilancia genómica.”

“La variante Delta tiene 53 mutaciones en comparación con el virus original de Wuhan, son 53 diferencias de los casi 30 mil nucleótidos del sistema. De esas dos variantes, la original y la Delta son idénticos en un 99.82%.”

En palabras de la especialista, la Organización Mundial de la Salud clasifica las variantes en tres categorías, las variantes de preocupación o VOC, por sus siglas en inglés, de las cuales actualmente existen cuatro: Alfa, beta, Gamma y Delta, en general se ha identificado que aumentan la transmisibilidad; las variantes de interés o VOI, como eta, lota, kappa, lambda y Mu; las variantes con alerta de vigilancia reforzada o VVR, de las que se tienen once actualmente.

Puntualizó que en el portal de GISAID actualmente hay más de 3.4 millones de secuencias de genomas completos del Sars-Cov-2. “En México, se han secuenciado alrededor de 26 mil genomas, representa el 0.76% de los casos confirmados desde que inicio la pandemia. Se han identificado variantes en los 32 estados de la República con variaciones regionales.”

“Se identificó que la variante B.1.1.519 que se detectó, en México, en noviembre de 2020, llegó a tener una presencia del 76.6% en marzo de 2021, mientras que la variante Alpha, detectada en enero de 2021, en mayo de este año representó el 20.4% de los contagios. La variante Gamma se detectó a partir de marzo de 2021 y se presentó en junio en un 31.8%, mientras que la variante Delta apareció en febrero de 2021 y en agosto representó el 95.7% de los virus detectados en México, es el virus que domina en el mundo actualmente.”

De acuerdo con Celia Boukadida, estos resultados permiten generar reportes oficiales y secuencias en bases de datos públicas para estudiar la evolución de la aparición y prevalencia de variantes a nivel regional, nacional y global y así tomar mejores medidas de salud pública.

En su participación, Rosa María Gutiérrez, investigadora del Instituto de Biotecnología, de la UNAM, habló de las estrategias de muestreo de variantes de SARS-Cov-2, comentó el sistema no es perfecto y que, a pesar de las deficiencias en la información, porque sólo se tienen pacientes que han acudido a las unidades de salud, es importante en estrategia contar con un sistema de información que permita dar seguimiento a la evolución de la pandemia de forma oportuna.

La especialista recordó los parámetros que se utilizan para seleccionar entidades usando variables epidemiológicas, mismas que sirven para la identificación de variantes del coronavirus. “Se utilizan cuatro parámetros, la incidencia de casos semanal, el número reproductivo instantáneo que arroja luz sobre la velocidad de crecimiento de contagios, el número de hospitalizaciones por semana, y el porcentaje de positividad dentro de las personas vacunadas.”

De acuerdo con la investigadora, en la tercera ola de México se tuvo una menor mortalidad y un decremento en las hospitalizaciones. “En la primera ola, una de cada nueve personas contagiadas hospitalizadas moría, en el segundo pico fue uno de cada once hospitalizados, pero en la tercera ola uno de cada treinta tuvo defunciones. Creemos que el decremento pudo deberse a la vacunación, es posible que la vacunación sea sumamente efectiva a pesar de las variantes existentes.”

“Esta información es importante para realizar una base que permita monitorear los cambios en variables epidemiológicas, útiles en el desarrollo de estrategias para la vigilancia genómica. Lo que se está haciendo actualmente en el consorcio, es tratar de correlacionar esta información, los datos del paciente como sexo y edad, con la secuenciación y las variables epidemiológicas.”

Fuente: El Colegio Nacional